sources.list ist der Hauptfile und sources.list.d sind include files die man eigentlich fuer zusaetzliches nutzen soll, damit jeder File A) ungefaehr...
Etwas verkürzt, apt-* ist älter und etwas "umständlicher" (weil mehr getippt werden muss), apt ist neuer und vereinfacht apt-*, dafür ist es nicht so...